同源性来确定进化的时间序列，也是功能结构相似性的概率

蛋白质结构和功能预测是序列的遍历和升维，首先是特定模块的寻找，然后是组合和组合的模式寻找，然后有多层次的耦合，即对网络的筛选。最后我们可以对生物发育机理、代谢过程和疾病认识加深。

数据增长的摩尔定律，指数级增长---数据管理，解读，利用

(1)新算法和统计学方法研究；(2)各类数据的分析和解释；(3)研制有效利用和管理数据新工具。---预测

序列的聚类，此时视为节点，我们网络的平均距离是收敛的

不同匹配度的序列的功能是相应的离散状态

分子序列构建数，然后利用序列的相似性耦合起来，形成网络结构

从数据的积累转向数据的解释，如同从简单的加减乘除上升到微积分，同时也可以视为简单的图灵机

对从自动测序仪中出来的序列的处理是一种黑箱处理，借鉴当初中医对人体这个黑箱各种理论的探讨：阴阳，五行，经络，气血等等理论，我们寻找的序列匹配理论不也一样？当然它们的进化速度不一样

不同层次的频率的分布函数，如碱基频率在基因区域，重复序列区域是不同的：碱基相邻的频率不是独立的。碱基相邻（两个，三个……）的频率一般不等于单个碱基频率的乘积。频率比对。密码子的对应：不同氨基酸对应的密码子的数目不同，由于密码子第3位置上碱基的改变常常不会改变氨基酸的类型，则其收敛范围为3。这也是马尔科夫链的机制：第k阶马尔科夫链假定在序列中某一位置上碱基的存在只取决于前面k个位置上的碱基

重复序列也是一种模块